芳溪原名芳塘，因其地古箩岭有一方形水塘，古雅名芳塘，后因集镇靠长塍港，故雅化为芳溪。宋太平兴国六年（981）始设新昌县时，境内大部分属广贤乡。1941年2月，芳塘乡与集兴乡合并为芳溪镇，后行政区划多次变更，1995年撤乡设镇。目前，全镇下辖19个行政村，1个居委会，185个村民小组，145个自然村。2007年底，全镇有人口25300人，其中农业人口18190人，人口密度125人\平方公里。

芳溪于1993年跻身江西省综合实力百强乡镇，1994年获全区“明星集镇”称号，1996年又跨入“江西省小康乡镇排头兵行列”，计划生育工作连年被评为全县“红旗乡镇”。2007年，全镇完成国内生产总值2.23亿元，财政收入828.1万元，农民人均纯收入4298元。